2. Les problèmes de transmission avec l'échelon européen
Vu de Bruxelles, le dispositif français d'AEM apparaît davantage comme un « mille-feuilles » complexe que comme un dispositif véritablement cohérent. L'enchevêtrement des compétences apparaît plus comme un handicap que comme un atout quand il s'agit de faire valoir un point de vue. Il se heurte en outre à la structure « en piliers » des compétences de l'Union européenne.
En matière de pêche, compétence communautaire, la responsabilité du contrôle des pêches revient au ministère de l'agriculture, lequel en délègue l'exécution au ministère chargé des transports dans la zone économique exclusive. Au delà, le contrôle hauturier est assuré par la marine nationale.
En matière de pollution maritime accidentelle, la sécurité de la navigation relève du ministère des Transports mais les investissements les plus lourds sont consentis par la marine nationale, laquelle n'a pas de relations de travail institutionnalisées avec la DG Transports de la Commission, ni avec l'Agence de sécurité maritime.
Les opérations en matière de gestion des frontières extérieures ont pour relais naturel la police de l'air et des frontières et le troisième pilier, sans implication des structures de la PESD du deuxième pilier.
Ces quelques exemples plaident pour un renforcement de la coordination interministérielle et, à terme, pour une clarification des missions.
3. La contrainte budgétaire
Dans un contexte budgétaire contraint, les moyens correspondants aux missions les plus « périphériques » sont les plus exposés, ce qui plaide pour une imputation des dépenses d'équipement sur le budget des départements ministériels qui assument la responsabilité politique des missions.
Si le ministère de la Défense a pu un temps apparaître comme disposant de marges de manoeuvre suffisantes, les besoins d'équipements de la marine sont aujourd'hui tels qu'il convient de veiller à ce que les moyens consacrés à des missions distinctes de la défense, stricto sensu, et bien que sans commune mesure avec le coût d'un programme d'armement, ne se fassent pas au détriment des équipements nécessaires aux missions de défense.