B. UNE NOUVELLE PHASE DE L'ÉPIDÉMIE DEPUIS LA MI JANVIER 2022
1. Une situation constatée au début de l'année proche des projections scientifiques
Alors que des interrogations ont été soulevées quant à la pertinence de l'utilisation fréquente des modélisations et projections sur l'épidémie de covid-19, la commission a souhaité entendre différents épidémiologistes, français mais aussi danois 27 ( * ) .
L'analyse des notes de l'Institut Pasteur sur l'évolution possible du nombre de patients COVID-19 dans les services hospitaliers en France montre bien l'évolution des projections au cours du déroulement de la cinquième vague.
Cependant, comme le montre le rapport publié le 15 février 2022 28 ( * ) , les projections de l'Institut Pasteur se sont avérées pour tout ou partie dans les fourchettes anticipées. C'est particulièrement le cas des points de préoccupation déterminants que sont les niveaux d'hospitalisation en raison de la covid-19 et d'occupation des lits de soins critiques .
Les auteurs soulignent ainsi que, « globalement, la trajectoire observée est proche du scénario où l'on faisait l'hypothèse que les Français allaient réduire leurs contacts de 20 % en janvier ».
Comparaison du nombre de lits occupés
observés (points)
et projetés lorsque les taux de transmission
restent inchangés (courbe rouge)
et lorsqu'ils diminuent de 10 %
(courbe verte)
et 20 % (courbe bleue) à compter du 3 janvier
2022
Note : A : nombre de lits occupés en hospitalisation conventionnelle ; B : nombre de lits occupés en soins critiques. Les points noirs correspondent aux données disponibles au moment où le modèle a été calibré.
Source : Institut Pasteur, 15 février 2022
Concernant les hospitalisations, alors que le modèle anticipait 121 000 hospitalisations cumulées entre le 1 er décembre 2021 et le 11 février 2022, 118 000 ont été enregistrées.
Le pic des admissions à l'hôpital était attendu le 21 janvier 2022 avec 2 650 admissions quotidiennes au pic. Ce pic a été observé le 24 janvier 2022 avec 2 600 admissions quotidiennes au pic. La dynamique de décroissance des hospitalisations s'est enclenchée avec environ 10 jours de retard par rapport à ce qui était anticipé. Cependant, les auteurs constatent que le modèle a légèrement sous-estimé le pic du nombre de lits d'hospitalisation conventionnelle , projeté à 18 000 lits le 24 janvier mais observé le 30 janvier à 19 900 lits, évoquant des hypothèses relatives aux durées de séjour des patients Omicron jugées optimistes. De ce fait, les auteurs estiment que « la dynamique de décroissance anticipée risque également d'être trop rapide ».
Concernant précisément les soins critiques , l'Institut souligne que le nombre de lits actuellement occupés, à 3 150 le 11 février, est proche de ce qui était anticipé par le modèle avec un niveau attendu à 3 000 lits occupés à cette même date. Alors que le modèle anticipait 4 040 lits de soins critiques occupés au pic attendu le 22 janvier, il y a eu 3 980 lits de soins critiques occupés au pic, mais celui-ci est finalement survenu 11 jours plus tôt que ce qui avait été anticipé par le modèle .
2. Les données scientifiques confirment les projections optimistes sur l'évolution de l'épidémie
a) Un « pic » de la vague qui semble franchi
La cinquième vague de l'épidémie de covid-19 en France hexagonale est entrée dans une nouvelle phase dans la seconde moitié du mois de janvier, avec une décrue rapide du nombre d'infections recensées.
Concernant les infections, le pic des cas a été observé le 21 janvier 2022 comme le souligne l'Institut Pasteur en analysant la moyenne mobile sur 7 jours.
Nombre de cas positifs recensés
quotidiennement,
en moyenne entre octobre 2021 et février
2022
Source : Commission des affaires sociales du Sénat, d'après les données de Santé publique France (SI-Dep)
Comme le souligne la Drees dans sa publication du 11 février 29 ( * ) , le variant Omicron « représente désormais la quasi-totalité du nombre de tests RT-PCR positifs, soit 99 % des nouveaux cas détectés du 31 janvier au 6 février 2022 ».
Ce variant semble également, selon Santé publique France, avoir augmenté les cas de réinfections : « les cas possibles de réinfection représentaient 2,8% de l'ensemble des cas confirmés de COVID-19, avec une nette augmentation au cours de la 5e vague épidémique. Près de 80% des cas possibles de réinfection pour lesquels un résultat de criblage interprétable était disponible présentaient une infection suspectée d'être liée au variant Omicron lors du 2 e épisode » 30 ( * ) .
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Taux d'incidence au 18 février |
R effectif, semaine du 7 février |
Source : Santé publique France
b) Une incertitude quant à l'impact du sous-variant « BA.2 » dont la part progresse dans les contaminations en France
Le variant Omicron présente à ce jour trois sous-lignages d'Omicron ont été définis : BA.1, BA.2 et BA.3.
Le sous-lignage BA.2 , à la progression très rapide, est particulièrement présent au Danemark depuis le mois de janvier 2022, où il représentait 45 % 31 ( * ) des contaminations la deuxième semaine. Aussi, l'expérience danoise semble montrer 32 ( * ) que ce sous-lignage présente une transmissibilité supérieure à BA.1 et éventuellement un échappement vaccinal plus important . Cependant, aucune différence sur les conséquences en termes d'hospitalisation n'est pour le moment montrée.
Dans une audition sénatoriale dédiée aux perspectives de l'épidémie 33 ( * ) , le Pr. Bruno Lina a souligné les inconnues persistantes sur les descendants d'Omicron et les mutations qu'ils pourraient présenter. Comme le soulignait Mme Vittoria Colizza au cours de la même audition, des interrogations demeurent, dans le scénario de l'« endémicité » sur la saisonnalité et la prévisibilité de l'épidémie, facteurs changeant profondément la capacité de réponse sanitaire .
En France, comme l'indique le dernier point épidémiologique de Santé publique France 34 ( * ) , le sous-lignage BA.2 reste minoritaire mais en progression . Ce sous-lignage représente ainsi 10,7 % des séquences interprétables 35 ( * ) le 31 janvier contre 4,5 % une semaine plus tôt.
Devant la commission, le ministre des solidarités et de la santé a indiqué le 22 février que la proportion du sous-lignage BA.2 représente près de 50 % des cas en France. Cependant, Olivier Véran estime qu'en l'état des connaissances, ce sous-lignage n'est pas de nature à occasionner un « risque de rebond » 36 ( * ) .
c) Une levée anticipée du passe au Danemark aux conséquences a priori maîtrisées
Premier pays européen à avoir introduit un passe sanitaire ( coronapas ) en avril 2021, le Danemark l'a suspendu une première fois à la mi-septembre 2021 avant de le réintroduire face à la vague liée au variant Delta en novembre 2021. Cependant, au regard des projections dont il disposait et aux caractéristiques de la vague « Omicron » depuis la fin décembre 2021, le gouvernement danois a décidé de lever le passe sanitaire au 5 février 2022. Le passe international reste nécessaire pour les voyages.
Pour le directeur de l'institut national de santé publique 37 ( * ) , le Statens Serum Institut (SSI) , le coronapas eu des effets notables sur l'évolution de l'épidémie, en incitant à la vaccination et au dépistage, en impliquant les citoyens et en permettant la réouverture de la vie sociale. Cependant, le directeur nuance cette approche face au variant Omicron qui a remis en cause selon lui la logique sous-jacente de l'outil.
La levée des restrictions, dont le passe sanitaire, a été décidée à la fin du mois de janvier, en dépit de chiffres d'incidence encore hauts. Le gouvernement danois expliquait alors considérer, au regard des prévisions, le pic proche et la levée des restrictions possibles au regard du niveau de vaccination mais aussi de la protection acquise, pour une partie des non-vaccinés, par les contaminations nombreuses.
Dans son bilan épidémiologique du 17 février, le SSI constate qu'au cours de la sixième semaine de 2022 (début février), au moment de la fin du passe, le nombre de cas a augmenté de 6,6 % et le taux de positivité a continué de progresser, atteignant même 44 % dans la région du Nord. Si le nombre de morts avec un test positif de contamination à la covid a augmenté, le taux de mortalité global est estimé à son niveau normal, de manière cohérente avec une baisse des morts liées à la covid de 61 % .
Évolution du nombre de cas positifs,
d'hospitalisations
liées au covid au Danemark
Source : Statens Serum Institut
Pour autant, la situation constatée correspond aux modélisations réalisées fin décembre par l'institut et une baisse tant des cas et que des admissions à l'hôpital est attendue dans les prochaines semaines.
Interrogé par la commission sur l'exemple du cas danois, le Gouvernement a indiqué qu'au Danemark, où le passe vaccinal a déjà été abandonné, l'épidémie repart à la hausse depuis le 5 février, « le nombre de nouveaux cas est en hausse avec un TI à 5 000 et le nombre de patients en soins intensifs en raison de la covid-19 a nettement augmenté le 07/02, alors qu'il avait tendance à diminuer depuis le début de l'année et à se stabiliser depuis la levée des restrictions le 01/02 (...) Pour la première fois depuis le 1 er février, un lien a été fait entre l'augmentation des cas de covid-19 et la levée des restrictions sanitaires au Danemark » 38 ( * ) .
3. Des projections encourageantes pour la situation de l'hôpital
a) Une nécessaire approche différenciée des hospitalisations « avec » et « pour » covid
Depuis novembre 2020 39 ( * ) , la base SI-Vic 40 ( * ) permet de différencier les patients dont la prise en charge est directement liée à la covid-19 des patients covid+ dont le motif principal d'hospitalisation n'est pas la covid.
Cependant, comme cela a été particulièrement souligné durant la cinquième vague, la distinction des patients selon le caractère « accessoire » de leur positivité à la covid-19 était jusqu'à la fin de l'année 2021 un élément relativement écarté des analyses et des indicateurs retenus : preuve en la publication des données par Santé publique qui, bien qu'existantes, n'ont été mises en ligne que le 31 janvier 2022.
Comme le souligne le Pr Bruno Riou dans une note d'information de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris, cette distinction est cependant apparue beaucoup plus déterminante au cours de la cinquième vague où l'incidence dans la population générale a trouvé des conséquences directes dans la situation des personnes hospitalisées .
Cette distinction apparaît tout à fait nécessaire pour mieux appréhender les conséquences réelles de l'épidémie sur le niveau des hospitalisations . Cependant, il serait faux d'écarter les patients « covid accessoire » des conséquences directes de l'épidémie sur les services hospitaliers. En effet, ces derniers doivent être isolés, réduisant les capacités d'accueil , et nécessitent un renforcement des préventions contre les transmissions nosocomiales .
Comparaison des taux d'hospitalisation
« pour » et « avec » covid,
pour
100 000 habitants
Source : Commission des affaires sociales du Sénat, d'après les données de Santé publique France
Distinction des patients hospitalisés « avec » et « pour » covid
Jusqu'ici le suivi épidémiologique des patients hospitalisation conventionnelle (HC) a considéré que tous les patients présentant un test covid positif étaient hospitalisés en raison d'une maladie covid comme cause prédominante de l'hospitalisation en HC. En soins critiques (SC), les patients ont été classés comme admis pour une pneumopathie covid ou pas et, dans l'hypothèse négative, aucune autre information n'était colligée. Cette vision simplifiée était justifiée par une incidence relativement faible de la maladie covid rendant peu probable la coexistence d'une maladie covid et d'une autre cause d'admission en HC ou en SC.
Le terme de « covid accessoire » semble plus adapté à la situation dans le sens où la présence du covid, symptomatique ou non, est accessoire quant au diagnostic qui amène à l'hospitalisation mais aussi quant à l'évolution du patient. En effet, le caractère accessoire posé dès l'admission est susceptible d'évoluer en cours d'hospitalisation du fait de la progression éventuelle de la maladie covid elle-même, ou de son interaction défavorable avec les comorbidités pré-existantes du patient ou de la cause non-covid ayant provoqué l'hospitalisation.
La qualification de « covid accessoire » est attribuée à un patient à l'admission en HC ou en SC lorsque les deux conditions suivantes sont vérifiées :
1) une (ou des) autre(s) cause(s) que le covid est (sont) la raison principale d'admission du patient en HC ou en SC ;
2) la présence d'une infection à SARS-CoV-2 n'est pas considérée par le médecin comme participant à l'aggravation clinique du patient motivant son admission en HC ou en SC.
Le statut de covid accessoire peut être révoqué en cours d'hospitalisation HC ou SC.
Source : APHP - note d'information INF-0082 du 12 janvier 2022 (extraits), de Bruno Riou, transmise à la commission des affaires sociales.
Dans sa publication du 11 février 41 ( * ) la Drees souligne que « les patients porteurs du SARS-CoV-2 entrant fin janvier 2022 en soins critiques sont pour 80 % d'entre eux hospitalisés en raison du covid-19 » (semaine du 31 janvier au 6 février). Cette même semaine, 93 % des entrées en soins critiques avec covid-19 relevaient du variant Omicron plutôt que Delta, proportion légèrement moins importante que parmi les hospitalisations conventionnelles.
Nombre quotidien d'entrées en soins critiques
(pour covid-19 ou autre motif)
pour lesquelles un test RT-PCR positif a
été identifié,
selon l'indication du
variant
Note : l'ensemble des entrées en soins critiques pour lesquelles un test RT-PCR positif a été identifié est réparti selon la proportion d'entrées en soins critiques pour lesquelles le criblage associé est indicateur du variant Omicron parmi les entrées en soins critiques avec un test RT-PCR criblé. Données en moyenne quotidienne sur 7 jours glissants. Jusqu'à fin juillet, d'autres variants coexistaient dans des proportions non négligeables avec le variant Delta, notamment, les variants dits britannique, sud-africain et brésilien qui sont ici agrégés avec le variant Delta.
Source : appariement SI-VIC. Calculs DREES. Données extraites le 8 février 2022 pour la période du 31 mai 2021 au 6 février 2022, données provisoires, donc sous-estimées, après le 30 janvier (à droite du trait pointillé vertical).
b) Un ralentissement engagé des admissions et une baisse des hospitalisations projetée très rapide
Si le nombre d'hospitalisations et d'admissions en soins critiques demeurent hauts, les flux ralentissent depuis la fin du mois de janvier.
Au 17 février 2022
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Hospitalisations
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Admissions en soins critiques
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Source : Santé publique France
Surtout, les projections produites par l'Institut Pasteur les 8 et 14 février permettent d'anticiper une amélioration rapide de la situation hospitalière.
Au début du mois, les données d'hospitalisation SI-VIC du 6 février 2022 laissaient ainsi anticiper 42 ( * ) , au niveau national, un plateau des admissions à l'hôpital dans les jours suivants , avec une stabilisation des admissions et une légère baisse des admissions en soins critiques.
Projections du modèle par variant
Source : Institut Pasteur, note du 8 février 2022
Plus récentes, les projections établies à partir des données SI-VIC du 13 février 2022 sont plus optimistes 43 ( * ) . Ainsi, au niveau national et dans les régions métropolitaines, « le modèle d'ensemble anticipe une baisse des admissions à l'hôpital dans les jours qui viennent ».
Projections du modèle par variant
Source : Institut Pasteur, note du 14 février 2022
Les auteurs soulignent cependant que « les durées de séjour restent difficiles à estimer par variant. Une sous-estimation ou sur-estimation de ces durées risquent d'induire une sous-estimation ou sur-estimation des besoins en termes de lits d'hospitalisation conventionnelle et de soins critiques. En particulier, il est possible que les durées pour Omicron soient actuellement sous-estimées, auquel cas le modèle pourrait être trop optimiste quant à la dynamique de décroissance des lits » 44 ( * ) . Nous montrons comment les projections du nombre de lits varient en fonction de l'hypothèse concernant la durée moyenne de séjour des patients Omicron.
c) Une situation hospitalière très fragile après deux ans de pandémie
Si les projections présentées laissent voir un soulagement progressif de la pression de l'épidémie de covid-19 sur l'hôpital, il convient d'être prudent sur le retour à la normale dans les services hospitaliers .
En effet, si la dynamique engagée est encourageante, les niveaux actuels d'hospitalisations demeurent à court terme très hauts. Surtout, après deux ans de pandémie, les capacités hospitalières demeurent fragiles du fait de départs et d'une situation d'épuisement prolongé des soignants.
Taux d'incidence des hospitalisations depuis le début de l'épidémie
Source : Commission des affaires sociales d'après les données SI-VIC
Enfin, la cinquième vague, massive, a conduit au déclenchement du plan blanc de nombreux hôpitaux et provoqué, comme les vagues précédentes de fortes déprogrammations .
Ainsi, au-delà de la seule occupation des lits tant en hospitalisation conventionnelle qu'en soins critiques, un indicateur déterminant pour analyser la situation hospitalière sera le suivi de la « résorption » des interventions reportées .
Interrogé sur ce point par la commission, le ministre des solidarités et de la santé 45 ( * ) n'a pas été en mesure d'indiquer le nombre de plans blancs encore actifs, faute de remontées suffisantes d'information par les agences régionales de santé . Surtout, sans indicateur adéquat existant sur les opérations déprogrammées ou reportées , il n'est pas possible non plus pour le ministère des solidarités et de la santé d'anticiper une date de « retour à la normale » et de reprise d'activité à un niveau suffisant pour rattraper les retards accumulés. Olivier Véran a indiqué à ce sujet que si la situation actuelle était bien encore celle d'une « charge sanitaire » constant que si certains hôpitaux ne déprogramment plus, cette situation n'était pas homogène selon les territoires. Aussi, le ministre considère que le seuil de 1500 lits de soins critiques correspond à un niveau auquel le fonctionnement normal de l'hôpital serait retrouvé .
Pour rappel, le Conseil scientifique, dans son avis du 19 janvier 46 ( * ) , anticipait des conséquences durables sur le système de santé, évoquant « un système de soins en tension très forte jusqu'à mi-mars 2022 » et considérant la déprogrammation des patients non-covid comme « un enjeu majeur » des deux mois à venir. Le Conseil explique ainsi sa préoccupation : « la déprogrammation des malades chirurgicaux sera peut-être plus limitée que prévu en raison d'une moindre tension sur les soins critiques et donc indirectement sur les services d'anesthésie-réanimation. Par contre, la déprogrammation des malades médicaux (cancers, maladies chroniques...) risque d'être plus marquée que lors des vagues précédentes , car les lits d'hospitalisation classique seront plus mobilisés par la vague Omicron malgré une baisse significative de la durée de séjour de ces patients ».
* 27 Réunions du 26 janvier 2022 et du 23 février 2022.
* 28 Comparaison des projections réalisées pour évaluer l'impact d'Omicron et de la dynamique épidémique observée en janvier-février 2022 - 15 février 2022 Alessio Andronico1* ; Cécile Tran Kiem1* ; Paolo Bosetti1* ; Juliette Paireau1, 2 ; Consortium Emergen$ ; Simon Cauchemez1
1 : Unité de Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses, Institut Pasteur, Université de Paris, CNRS UMR2000 ; 2 : Santé Publique France ; * : contribution égale ; $ : les membres du consortium Emergen sont listés en annexe de la note.
* 29 Drees - Le nombre d'hospitalisations liées à la vague Omicron est en baisse, pour les patients admis pour Covid-19 comme pour l'ensemble de ceux porteurs du virus - Appariements entre les bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI.
* 30 Comme le précise Santé publique France, Près de 417 000 cas possibles de réinfection par le SARS-CoV-2 ont été identifiés au cours de la période d'étude portant du 1er janvier 2021 au 27 janvier 2022. Néanmoins, en raison d'un changement concernant l'identification des patients dans la base SIDEP rendant impossible l'identification des évènements de réinfection possible avec un premier épisode en 2020, ce chiffre ne reflète pas le nombre total de cas possibles de réinfection survenus depuis l'existence de la base de données SIDEP.
* 31 Statens Serum Institut - Now, an Omicron variant, BA.2, accounts for almost half of all Danish Omicron-cases - 20 janvier 2022.
* 32 Statens Serum Institut - BA.2 is more transmissible than BA.1 but vaccinated persons are less likely to be infected and to pass on infection - 31 janvier 2022.
* 33 Mission commune d'information sur les effets des mesures en matière de confinement - « Le variant Omicron, et après ? » - Audition du Pr. Éric Caumes, infectiologue à l'hôpital de l'Hôtel-Dieu à Paris, de Mme Vittoria Colizza, épidémiologiste, directrice de recherche à l'Institut Pierre Louis d'épidémiologie et de santé publique (Inserm) et du Pr. Bruno Lina, virologue, chef de service à l'Institut des agents infectieux du Centre hospitalier universitaire de Lyon et membre du Conseil scientifique Covid-19.
* 34 COVID-19 : point épidémiologique du 17 février 2022 - Santé publique France.
* 35 Enquête Flash S05 du 31 janvier 2022.
* 36 Réunion du 22 février 2022.
* 37 Audition du 23 février 2022.
* 38 Réponses du ministère des solidarités et de la santé au questionnaire de la commission.
* 39 Novembre 2020, lettre d'information n° 6 du ministère chargé de la santé.
* 40 Version 2.3 mise en service le 16 novembre 2020. Par défaut, la base propose un renseignement de l'hospitalisation comme liée à la covid.
* 41 Drees - Le nombre d'hospitalisations liées à la vague Omicron est en baisse, pour les patients admis pour covid-19 comme pour l'ensemble de ceux porteurs du virus - Appariements entre les bases SI-VIC, SI-DEP et VAC-SI.
* 42 Note 108 - Evolution possible du nombre de patients COVID-19 dans les services hospitaliers en France 8 février 2022 Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses, Institut Pasteur (Juliette Paireau, Alessio Andronico, Nathanaël Hozé, Paolo Bosetti, Cécile Tran Kiem, Simon Cauchemez) ; Santé Publique France.
* 43 Note 109 - Evolution possible du nombre de patients COVID-19 dans les services hospitaliers en France 14 février 2022 Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses, Institut Pasteur (Juliette Paireau, Alessio Andronico, Nathanaël Hozé, Paolo Bosetti, Cécile Tran Kiem, Simon Cauchemez) ; Santé Publique France.
* 44 Les auteurs expliquent s'attendre à ce que les erreurs les plus importantes surviennent au moment où un changement de dynamique a lieu (par exemple, au pic d'une vague).
* 45 Réunion du 22 février 2022.
* 46 Note d'actualisation n° 4 du Conseil scientifique COVID-19 - 19 janvier 2022. La vague Omicron : une vague très différente des précédentes.