2. Pour ne pas favoriser la fraude, un plafonnement des dépenses sous-traitées
a) Des dépenses prises en compte dans la limite de plafonds

Les dispositions relatives à la sous-traitance des activités de R&D, relativement complexes, sont synthétisées par le tableau ci-après.

L'éligibilité au CIR des activités de R&D sous-traitées
(article 244 quater B du code général des impôts)

(plafonds en millions d'euros)

Pas de lien de dépendance* avec l'entreprise qui bénéficie du CIR

Lien de dépendance* avec l'entreprise qui bénéficie du CIR

Doublement de l'assiette

Plafond**

Doublement de l'assiette

Plafond**

Sous-traitants publics (d du II)

X

12

2

Sous-traitants privés agréés (d bis du II)

10

2

* Au sens des deuxième à quatrième alinéas du 12 de l'article 39 du code général des impôts : « Des liens de dépendance sont réputés exister entre deux entreprises :

« a-lorsque l'une détient directement ou par personne interposée la majorité du capital social de l'autre ou y exerce en fait le pouvoir de décision ;

« b-lorsqu'elles sont placées l'une et l'autre, dans les conditions définies au a, sous le contrôle d'une même tierce entreprise. »

** d ter de l'article 244 quater B du code général des impôts.

Source : commission des finances, d'après l'article 244 quater B du code général des impôts

Par ailleurs, comme on l'a indiqué, à la suite d'un amendement au projet de loi de finances initiale pour 2011 adopté à l'initiative de notre collègue député Gilles Carrez, à compter de 2011, les dépenses confiées à des sous-traitants privés agréés sont retenues dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de recherche, avant application des plafonds (2 ou 10 millions d'euros).

Ces dispositions ont notamment pour objet de ne pas encourager la fraude.

Jusqu'en 2004, le II de l'article 244 quater B précité du code général des impôts prévoyait que le CIR était réservé aux dépenses affectées « à la réalisation en France d'opérations de recherche scientifique et technique ». Cette disposition, qui n'était pas conforme au droit communautaire, a été supprimée par l'article 45 de la loi de finances rectificative pour 2004 (n° 2004-1485 du 30 décembre 2004).

En réponse à une question du rapporteur spécial, le MESR a indiqué qu'en 2009, « le CIR correspondant à des opérations confiées à des entités au sein de l'UE peut être estimé à 21 % des dépenses externalisées, soit à environ 2 % du CIR , ou 95 millions d'euros ».

b) Une réduction des dépenses déclarées au CIR de l'ordre de 5 milliards d'euros

Ce qui pourrait passer pour de simples mesures « anti-abus » réduit en réalité l'assiette du CIR de 5 milliards d'euros (et le CIR de 1,5 milliard d'euros) .

En effet, en 2009 les entreprises ont déclaré 17 milliards d'euros de dépenses au CIR, alors que leurs dépenses de R&D (DIRDE) ont été de 26 milliards d'euros, ce qui représente un écart de 9 milliards d'euros.

Selon le MESR, cet écart correspond pour 60 % au plafonnement des dépenses sous-traitées . En effet, les activités sous-traitées correspondent à la dépense extérieure de recherche et développement des entreprises (DERDE) 46 ( * ) , de 7,1 milliards d'euros en 2009. L'assiette correspondante dans le cas du CIR n'ayant été que de 1,6 milliard d'euros, les plafonnements réduisent l'assiette du CIR d'environ 5 milliards d'euros . Ainsi, moins de 25 % des dépenses sous-traitées bénéficient du CIR .

Deux autres facteurs explicatifs sont que le CIR repose sur les amortissements et non sur les investissements, et que les entreprises tendent à déclarer plus de dépenses dans le cadre de l'enquête annuelle sur les dépenses de R&D du MESR que dans leur déclaration fiscale relative au CIR.

Les financements publics directs aux activités de R&D introduisent aussi un écart, cette fois dans le cas de l'assiette. En effet, l'assiette est égale aux dépenses déclarées diminuées des subventions, alors que ces dernières sont comptabilisées dans la DIRDE.

Pourquoi les dépenses déclarées au CIR sont inférieures à la DIRDE, selon le MESR

« En 2009, les entreprises ont déclaré 17 milliards € de dépenses au CIR et leurs dépenses de R&D (DIRDE) ont été de 26 milliards €, soit un écart de 9 milliards.

« Une large partie de cet écart s'explique par le fait que les dépenses externalisées sont plafonnées dans le dispositif CIR. En 2009, les dépenses externes déclarées par les entreprises au CIR se sont montées à 1,6 milliard €, alors que celles qu'elles ont déclarées à l'enquête R&D (DERDE) se sont montées à 7,1 milliards. Or une partie de la DERDE est aussi déclarée dans la DIRDE, étant considérée comme des dépenses de R&D par les sous-traitants. Le différentiel entre dépenses externes CIR et DERDE est de 5,5 milliards, expliquant une partie de la différence entre dépenses déclarées au CIR et DIRDE. 5,5 milliards représentent 61% de cet écart.

« Le reste de l'écart s'explique notamment par deux éléments. Premièrement, la DIRDE prend en compte les investissements en R&D alors que le CIR ne finance que les amortissements. Deuxièmement, les entreprises peuvent avoir un comportement de déclaration plus prudent au CIR dans la mesure où il s'agit d'une aide qui est contrôlée dans le cadre des contrôles fiscaux. Des échanges notamment avec de grandes entreprises suggèrent que le différentiel peut atteindre environ 30% des dépenses de R&D.

« L'explication ne provient en revanche probablement pas du nombre de déclarants au CIR, qui désormais touche la quasi-totalité des entreprises qui font de la R&D. »

Source : réponse du MESR au questionnaire adressé par le rapporteur spécial

Concrètement, les modalités actuelles de prise en compte des dépenses sous-traitées pénalisent essentiellement l'industrie pharmaceutique . En effet, il s'agit du secteur dont les dépenses sous-traitées représentent la plus grande proportion de ses dépenses déclarées dans le cadre du CIR (17,8 % en 2009, contre 10 % en moyenne).


* 46 Extérieure par opposition à interne à l'entreprise.

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