2. La déclaration de Berlin
En mars 1999, la déclaration de Berlin reprend celle de Venise mais adopte un langage plus direct et plus clair. Elle proclame le « droit inconditionnel des Palestiniens à l'autodétermination, comprenant la possibilité d'un Etat » et « espère que ce droit sera concrétisé à bref délai ». L'Union satisfait néanmoins, à la demande d'Israël, de différer la reconnaissance d'un Etat palestinien. Par ailleurs, les Quinze poursuivent leur coopération économique avec la région en approuvant la même année le texte de la dixième convention entre l'Union et l'UNRWA ( United Nations Relief and Work Agency ) chargée de mettre en oeuvre le programme de l'Organisation des Nations unies pour l'aide aux réfugiés palestiniens dans la Bande de Gaza, en Cisjordanie, en Jordanie, au Liban et en Syrie.
L'invasion de l'Irak par les Etats-Unis en mars 2003 oppose les Européens entre eux : Français, Allemands et Belges sont hostiles à l'intervention. Le Premier ministre britannique, au contraire, s'aligne sur Washington, suivi par les nouvelles démocraties de l'Est. La division est d'autant plus vive que l'administration Bush attise les feux en opposant la « vieille Europe » à la « nouvelle ». Pendant ces années, les pays européens se divisent en deux camps en fonction du soutien ou non donné à la politique des Etats-Unis et, par voie de conséquence, à celle d'Israël.
La victoire sans appel du Hamas aux élections législatives de janvier 2006 confronte les Vingt-cinq à un dilemme : soit reconnaître les résultats du scrutin dont ils ont encouragé la tenue et surveillé le déroulement (900 observateurs internationaux ont attesté la régularité du scrutin), c'est-à-dire admettre la victoire du Hamas que les pays européens ont inscrit sur la liste des organisations terroristes en décembre 2001, soit ignorer le résultat des élections en se mettant en contradiction avec les principes démocratiques dont ils se réclament.
Le choix est d'autant plus difficile que la guerre menée par Israël contre le Liban en juillet et août 2006 s'inscrit dans le cadre d'une guerre contre les « organisations terroristes islamistes ». Le 1 er août 2006, les ministres des affaires étrangères des Vingt-cinq sont incapables de cacher leurs divergences et d'appeler à un « cessez-le-feu immédiat » au Liban, ce qui montre l'incapacité des Européens à s'entendre sur une politique étrangère commune.