2. Des interventions de l'Etat complémentaires à celle des agences ou bien exclusives
a) Les cas de double intervention des agences et de l'Etat
Parfois les agences de l'eau interviennent dans le même domaine que l'Etat, le plus souvent dans le cadre de conventions pluri-annuelles avec des maîtres d'ouvrage pour aider tant les travaux de restauration que ceux d'entretien courant en incitant à leur pérennité. Le cas échéant, les aides de l'Etat complètent celles des agences. Cette double intervention de l'Etat et d'un de ses établissements publics pour le même objet est peu satisfaisante. S'y ajoutent éventuellement des aides, facultatives, des départements ou des régions. Dans certains cas, les aides de l'Etat et celles des régions sont inscrites dans les contrats de plan Etat-régions.
b) Les cas de simple intervention de l'Etat
Même si la restauration des milieux naturels répond souvent à des objectifs multiples - lutte contre la pollution, préservation de la ressource en eau, prévention des risques d'inondation par la restauration des champs naturels d'expansion des crues et l'entretien des rivières, etc., voire des objectifs écologiques généraux s'agissant des zones humides - les agences n'interviennent généralement pas quand l'objectif majeur est seulement la prévention des risques d'inondation ou l'intérêt écologique. Dans ce cas, l'Etat est seul à intervenir sous réserve des aides complémentaires, facultatives, des départements ou des régions.