2. La logique de la comptabilité de caisse
L'article 16 de l'ordonnance organique du 2 janvier 1959 fixe le mode d'imputation des recettes et des dépenses et donne son fondement à la comptabilité de caisse.
Dans ce système, les dépenses et les recettes sont rattachées à l'exercice budgétaire au cours de laquelle elles ont été effectivement payées ou encaissées, quelle que soit la loi de finances qui en a autorisé l'exécution. Dès lors, aucune opération ne peut être imputée à un exercice lorsque celui-ci est échu. Ce système permet donc d'arrêter les écritures comptables peu après la fin de l'année et fait apparaître clairement les flux monétaires. Il présente cependant le défaut de conduire à des imputations erronées et peut inciter les ordonnateurs à différer le règlement de certaines dépenses, de façon à dissimuler ou à réduire artificiellement le déficit de l'année considérée.
En dépit de ses défauts, et, en particulier, de la liberté trop grande accordée au gouvernement par la période complémentaire quant à l'imputation des crédits, la comptabilité de caisse présente l'intérêt de permettre un suivi précis de l'autorisation budgétaire et du déroulement de son exécution. Elle a donc pour objet certes limité mais essentiel, de suivre les autorisations budgétaires données par le Parlement. Elle permet également à la situation budgétaire de refléter correctement la trésorerie de l'Etat pour l'exercice.