2. L'impact sur les milieux naturels
L'aquaculture actuellement pratiquée en mer souffre également d'un niveau excessif de rejets de nourriture et de produits phytosanitaires. Ces deux inconvénients sont directement liés au caractère plus ou moins intensif de l'élevage et à sa maîtrise.
La concentration de poisson fait courir le risque d'un excès de rejets organiques dans l'environnement marin, voire terrestre pour les peaux, têtes et arêtes. Ces rejets sont de deux ordres : l'excès de nourriture et les excréments. Ils peuvent conduire à l'eutrophisation des fonds, c'est-à-dire à la mobilisation de l'oxygène dissous pour la décomposition et au profit de végétaux (phytoplanctons, algues).
La surpopulation est également un puissant vecteur de maladies . Certaines peuvent faire l'objet de vaccins. Ainsi en Norvège, tous les salmonidés d'élevages sont vaccinés à la main. Mais d'autres peuvent entraîner l'usage mal régulé d'antibiotiques et d'autres médicaments qui se diffusent dans l'environnement. Les poissons d'élevage peuvent aussi avoir des parasites , comme les poux du saumon qu'ils transmettent à leurs congénères sauvages.
Au Chili, les associations environnementales rapportent que les élevages intensifs de saumon ont dû être transférés vers des zones vierges du grand Sud en raison de l'impossibilité de maîtriser les maladies et de la destruction environnementale des premières zones d'élevage devenues impropres à la pisciculture.