b) L'absence d'évaluation globale du coût des trente-cinq heures
L'analyse des conséquences de la mise en oeuvre de la réduction du temps de travail illustre les difficultés rencontrées de manière générale pour connaître précisément le montant des charges du personnel hospitalier.
Sur l'impact des trente-cinq heures, les informations ne sont que parcellaires . La gestion de l'indemnisation des heures supplémentaires et des jours de congés non récupérés et non indemnisés révèle deux points sensibles : l'absence d'évaluation globale des coûts engendrés par la mise en oeuvre des trente-cinq heures dans les établissements de santé et le fait que des financements complémentaires doivent être débloqués pour assurer la rémunération des services faits par les personnels hospitaliers.
En conséquence, les charges liées à la mise en oeuvre de la réduction du temps de travail restent mal connues. La Dhos avait évalué leur coût prévisionnel à 1,624 milliard d'euros (1,865 milliard si l'on tient compte des établissements sociaux et médicosociaux) auquel il conviendrait d'ajouter 1,256 milliard d'euros (1,364 milliard si l'on tient compte des établissements sociaux et médicosociaux) de crédits non pérennes consacrés au financement d'une première tranche des CET en 2004. La rémunération des CET prévue par les protocoles signés en janvier 2008 vient en sus de ces premières estimations.
Cette situation met l'accent sur une défaillance de l'administration centrale. Dans son rapport de 2006, la Cour des comptes soulignait qu'un bilan des dépenses liées à la mise en oeuvre de la réduction du temps de travail devait être établi par la Dhos à l'issue de la période de montée en charge de la réforme (2002-2005). Ce bilan n'est à ce jour pas disponible. Selon la Cour, « l'opacité demeure réelle » sur ce sujet .