c) L'affectation indirecte des redevances au financement de la politique de l'eau
Le seul avantage des fonds de concours, tant pour le ministre chargé de l'environnement que pour les agences, était de garantir que « l'argent des usagers de l'eau finance la politique de l'eau ». En fait, l'affectation obligatoire de ces fonds à certaines dépenses, en dérogation au principe d'unicité du budget de l'Etat, permettait au premier de mettre ainsi une partie de ses crédits à l'abri des risques de restriction budgétaire, et aux secondes, faute de garder toute liberté de dépenser eux-mêmes les fonds en cause, d'être assurées qu'ils étaient employés pour des actions intéressant plus ou moins directement leur domaine.
Malgré cette garantie, ce circuit financier préservait une certaine opacité à l'égard des contribuables : comment ces derniers pouvaient-ils savoir que les redevances qu'ils versaient à l'agence de l'eau de leur bassin hydrographique servaient en fait, pour partie, à finalement subventionner, par exemple, un autre établissement public, le CSP ? Cette opacité a cependant rarement été présentée comme un défaut de la procédure des fonds de concours employée de 1997 à 1999. Pourtant, elle ne facilite pas l'exercice du droit reconnu à tous les citoyens, par l'article 14 de la déclaration des droits de l'homme et du citoyen du 26 août 1989, « de constater par eux-mêmes ou par leurs représentants, la nécessité de la contribution publique [et] d'en suivre l'emploi ».