B. UNE MULTIPLICITÉ D'ACTEURS POUR LA PROGRAMMATION
1. Les autorités de gestion
Pour chaque PO, l'autorité de gestion assure l'instruction des projets présentés, la programmation des projets éligibles, la rédaction des actes attributifs des aides communautaires, le recueil des actes attributifs des autres concours publics participant à l'opération, et le contrôle du service fait. L'autorité de gestion vérifie la qualité de réalisation de ces tâches en effectuant des contrôles de qualité auprès des services, y compris délégataires, chargés de leur exécution.
Pour les PO régionaux financés par le FEDER (ainsi que par le FSE dans les départements d'outre-mer), l'autorité de gestion est le préfet de région, assisté du secrétaire général pour les affaires régionales (SGAR). Il existe toutefois une exception : à titre expérimental, l'autorité de gestion pour le programme régional FEDER d'Alsace a été confiée au conseil régional.
Pour les PO plurirégionaux du FEDER couvrant les massifs des Alpes et du Massif central, l'autorité de gestion est le préfet coordonnateur de massif, assisté du commissaire de massif. Pour ceux couvrant les bassins fluviaux de la Loire et du Rhône, l'autorité de gestion est le préfet coordonnateur de bassin, assisté du SGAR.
Pour le volet déconcentré du programme national FSE, la fonction d'autorité de gestion est déléguée au niveau régional au préfet de région.
Pour les programmes de coopération territoriale européenne, l'autorité de gestion est désignée par accord entre les États membres partenaires des programmes.
2. Les organismes intermédiaires
La pratique de la subvention globale permet à une autorité de gestion de déléguer à un organisme tiers, dénommé « organisme intermédiaire », une responsabilité particulière dans la mise en oeuvre d'une partie d'un programme : sélection des projets financés, tâches de gestion, de contrôle...
La subvention globale, qui a été renforcée pour la période 2007-2013, peut être utilisée pour des montants représentant jusqu'à 50 % des programmes FEDER et 60 % des programmes FSE.
Le choix de l'organisme intermédiaire appartient à l'autorité de gestion. Cette délégation doit s'inscrire dans la stratégie globale définie par le PO et être assortie d'objectifs et d'indicateurs qui permettront à l'autorité de gestion de veiller au respect de cette stratégie. Une convention est passée entre l'autorité de gestion et l'organisme intermédiaire.