b) Un mode de financement contesté
Les deux volets du CTE donnent lieu, pour chacun d'entre eux, au versement d'une aide. Les niveaux et les modalités de rémunération de ces deux parties sont définies dans l'arrêté du 8 novembre 1999 relatif aux aides accordées aux titulaires de CTE par le Fonds de financement des contrats territoriaux d'exploitation (FFCTE).
Le premier mode de financement se rapporte à des investissements ou à des dépenses à caractère socio-économique ou environnemental et territorial. Le montant global de ces aides est fonction des investissements réalisés et il ne peut excéder 100 000 francs pour la durée du contrat.
Le second mode de financement se décline sous la forme d'aides à l'hectare ou à l'UGB (Unité gros bétail). Versées chaque année, elles visent à compenser les pertes de revenu résultant d'engagements agri-environnementaux, impliquant une amélioration de certaines pratiques agricoles, ou les surcoûts liés à ces engagements.
Le montant total de ce financement est ajusté en fonction de la superficie de l'exploitation, selon des règles de dégressivité favorables aux petites ou moyennes exploitations. Une majoration des aides peut être accordée pour les projets prévoyant la création nette d'emplois ou pour ceux réalisés de manière collective et coordonnée.
Le montant moyen d'un CTE est de l'ordre de 150.000 francs pour une durée de cinq ans. Les avis sur le montant de ces aides sont partagés. Les professionnels y voient un intérêt financier limité ne permettant pas de couvrir le surcoût engendré par la réalisation des investissements rendus nécessaires.
Le centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA) est l'organisme agréé qui gère les crédits affectés aux CTE. Ceux-ci s'élèvent en 2000 à 1,9 milliard de francs, la moitié provenant du budget de l'Etat (FFCTE) et l'autre de l'Union Européenne, au titre du plan de développement rural sur les crédits du FEOGA Garantie.
En outre, le produit de la modulation des aides vient abonder le FFCTE, ce qui est également très contesté par les agriculteurs. En effet, l'accord de Berlin du 26 mars 1999 autorise les Etats de l'Union européenne à effectuer un prélèvement sur les aides directes perçues par les agriculteurs, dans la limite de 20 % de leur montant total, et à l'utiliser pour augmenter les crédits destinés au développement rural. Le produit de la modulation des aides doit être de 1 milliard de francs en 2000, soit 2 % des aides directes communautaires versées au titre de la PAC. Ce produit est affecté au cofinancement des CTE.
Pourtant ce système de modulation des aides est critiqué à bien des égards . Les critères retenus pour le calcul du taux de réduction des aides ne reflètent pas le niveau réel de revenu de l'exploitation : l'emploi et notamment l'emploi salarié sont insuffisamment pris en compte, le critère de la marge brute d'exploitation est un outil statistique d'une grande complexité qui conduit à des charges de gestion administrative insupportables pour les agriculteurs.
Ce système présente également un caractère inéquitable : ce sont les zones intermédiaires, où les rendements sont faibles ou moyens, qui sont les plus touchées, certaines productions à quotas sont épargnées alors que d'autres productions sont plus durement touchées en raison de leur montant d'aides à l'hectare très élevé.
Le CTE a vocation, à terme, à réunir la majorité des aides à l'agriculture en dehors des aides à la production. Toutefois, la Dotation aux jeunes agriculteurs (DJA), les indemnités compensatoires de handicap naturel (ICHN) et le programme de maîtrise des pollutions agricoles (PMPOA) ne sont pas subordonnés à la conclusion d'un CTE.